ไมน์คราฟต์: สตอรีโหมดเป็นเรื่องราวที่เกิดขึ้นภายในเกมไมน์คราฟต์ โดยตัวละครหลักคือ เจสซี (Jesse) (ให้เสียงโดย แพตตัน ออสวอลต์ (Patton Oswalt)/แคทเธอรีน เทเบอร์ (Catherine Taber)) ผู้ซึ่งเป็นผู้เล่นใหม่ที่หลงใหลในเกมไมน์คราฟต์และเป็นผู้ที่ออกเดินทางกับเพื่อนของเขาภายในโลกไมน์คราฟต์เพื่อที่จะตามหาดิออร์เดอร์ออฟเดอะสโตน (The Order of the Stone) เขาคือกลุ่มที่ประกอบด้วย เกเบรียล (Gabriel), เอลเลการ์ด (Ellegaard), แม็กนัส (Magnus), ซอเรน (Soren) และไอวอร์ (Ivor) พวกเขาคือ 5 นักผจญภัยในตำนานที่เคยช่วยโลกไมน์คราฟต์ไว้ ในเกมเจสซีจะเป็นผู้เล่นใหม่ที่กำลังเรียนรู้วิธีการสร้างและการคราฟต์ และเขาก็ยังหลงใหลโลกของไมน์คราฟต์ด้วย[10] ในเกมจะประกอบไปด้วยสถานที่ต่าง ๆ ที่เหมือนกับไมน์คราฟต์ของจริง เช่น เนเธอร์ (Nether), ดิเอนด์ (The End),[10] และฟาร์เแลนดส์ (Far Lands) เป็นต้น